在PET瓶ESL熱灌裝工藝中，為了防止空氣中的微生物對灌裝半成品的二次污染，在生產線的灌裝區域設置空氣凈化系統是*的措施。
1、生產準備期，定期采用藥物熏蒸方式對灌裝區域進行消毒處理。
2、在生產前，利用COP和SOP操作對設備表面進行清洗和消毒。
3、在生產前及生產過程中，采用臭氧消毒方式；即利用HVAC系統的循環風作為臭氧的載體，由HVAC系統中凈化風機產生的循環風將臭氧擴散至所控制的整個潔凈區域，并且使空氣中臭氧濃度均勻，對HVAC系統起到殺滅雜菌和霉菌的效果，實踐發現，該消毒滅菌方式還能對過濾器起到溶菌疏導作用，延長其使用壽命。
4、灌裝區域設置有自動消毒液氣溶膠噴霧熏蒸系統，可自動定期對灌裝空間及其設備表面進行消毒。 
5、操作過程中相關人員污染控制：防止來自操作人員的二次污染是十分重要的環節，為此，需要加強培養操作人員的微生物質量意識，同時，建立維修操作過程中意外人為污染的應急消毒措施，建立合理的HACCP質量控制體系，降低生產的風險性。
近年來，ESL灌裝技術在PET瓶熱灌裝生產中已經得到了一定程度的應用。例如，在PH≤4.5的果果汁飲料和運行飲料PET瓶熱灌裝生產中，通過應用ESL灌裝技術，可將熱灌裝工藝中的充填溫度由83℃～95℃降低至65～70℃，在不添加防腐劑的前提下，使得采用非耐熱PET瓶生產的飲料的衛生指標達到了耐熱PET瓶裝飲料的衛生技術指標及國家有關標準要求。ESL灌裝技術在乳酸飲料PET瓶熱灌裝生產線中的應用，可以使得產品在常溫狀態下達到標準要求。