潔凈室通常采用粗效、中效和高效三級過濾（或稱初級、中級和末級）。系統中的中效過濾器安裝在風機的正壓段，高效過濾器安裝在送風末端，回風口安裝中效或粗效過濾器。末級過濾器是高效過濾器的系統稱為高效空氣凈化系統，末級過濾器是中效過濾器的系統稱為中效空氣凈化系統。下圖所示的是亂流潔凈室系統的基本圖示。

上圖中，Nt為某時間t（min）的室內含塵濃度（粒/L）
N為室內穩定含塵濃度（粒/L）
N₀為室內原始含塵濃度，即t=0時的含塵濃度（粒/L）
V為潔凈室容積（m3）
n為換氣次數（次/h）
G為室內單位容積發塵量[粒/（m3.min）]
M為大氣含塵濃度（粒/L）
S為 回風量對送風量之比
η1為初級過濾器（或新風過濾器組合）效率（計數效率，用小數表示）
η2為中間過濾器效率
η3為末級過濾器效率
三級過濾系統中所謂新風粗效過濾器的做法，已經實踐證明，到了必要更新概念的時候了。有相關專家提出這一觀點，并分別對一般空調系統、專用空調機系統和凈化空調系統進行論證。這一問題的提出，是由于空調系統啟動后，室內細菌濃度反而增加。熱交換盤管、肋片、閥及其周邊部分上滯留的凝結水，在停機期間因溫度逐漸升高而蒸發形成盤管四周高濕度條件，成為適合微生物繁殖的條件，特別適合真菌的繁殖。
新風用的粗效過濾器效率太低，我國的大氣塵濃度偏高，所以上述問題會更嚴重。后果不僅是使新風品質下降，而且由于進入系統的新風塵濃高，很快使系統中的部件堵塞，從而使新風量驟減，室內氧氣比例降低，造成惡性循環。所以新的三級過濾的概念應是：新風三級過濾；中間預過濾；末端高效過濾。