集中式凈化空調系統大多采用單風機系統，這是因為大多數潔凈空調系統的新風量是全年固定不變的。為了維持系統內各潔凈室不同潔凈度所需的不同正壓，采用單風機系統無論在控制上還是管理上均比較方便。只要系統新風量不變，系統內正壓就有保證。另外，兩臺以上風機串聯使用，其效率比單臺風機單獨使用時總要低些。同時為了節省機房面積和初投資，一般情況多采用單風機系統。
如果整個系統阻力較大，勢必采用高壓頭風機，這時系統的噪聲、漏風量也隨之上升。如果系統回風管路較長，或回風道阻力較大，為使潔凈室回風能回到回風箱，需增大風機風壓，潔凈室就容易出現正壓過大。如果風機壓頭不夠，潔凈室大量回風中只有一小部分到達空調箱，大部分回風則通過各種途徑逃逸。如果系統全年需要變動新風量，則單風機系統就難以保證各潔凈室的合適正壓值。在諸如此類的場合，通過技術經濟比較，認為合理時，可在系統中增設回風機，組成雙風機系統。在設計雙風機時，應將送風機、回風機和排風機進行聯鎖控制，當系統開啟時，應先起動送風機，再起動回風機和排風機；關閉時，程序相反，以避免系統出現負壓。另外，須加強潔凈室正壓控制，因為雙風機系統與單風機系統不同，送、回風通路上的壓頭分別由送風機和回風機擔負。由于送風通路上安裝有含高效過濾的三級過濾器，回風通路上為控制潔凈室內正壓，至多設置粗效過濾器作為阻尼層，因此在運行過程中，回風通路和送風通路上的過濾器積塵速率不同，造成送、回風通路上阻力的增加不同步，使系統原調試好的各級正壓值被破壞。