一、排風設計
（一）下列情況下的凈化空調系統的空氣不應循環使用：
1、生產過程散發粉塵的潔凈室（區），其室內空氣如經處理仍不能避免交叉污染時。
2、生產中使用有機溶媒，且因氣體積累可構成爆炸或火災危險的工序。
3、病原體操作區。
4、放射性藥品生產區。
5、生產過程中產生大量有害物質以及異味或揮發性氣體的生產工序。
（二）醫藥潔凈室（區）的排風系統應符合下列規定：
1、應采取防止室外氣體倒灌的措施。
2、排放含易燃、易爆物質氣體的局部排風系統應采取防火、防爆措施。
3、對直接排放超過國家排放標準的氣體排放時應采取處理措施。
4、對含有水蒸氣和凝結性物質的排風系統應設置坡度及排放口。
5、生產青霉素等特殊藥品的排風系統應符合相關規定。
為防止室外氣體倒灌，可采取在排風管路上安裝過濾器、止回閥或電動排風閥與止回閥連鎖等措施。
（三）下列情況的排風系統應單獨設置：
1、不同凈化空氣調節系統。
2、散發粉塵或有害氣體的區域。
3、排放介質毒性為現行國家標準《職業性接觸毒物危害程度分級》GB 5044中規定的中度危害以上的區域。
4、排放介質混合后會加劇腐蝕、增加毒性、產生燃燒和爆炸事故或發生交叉污染的區域。
5、排放易燃、易爆介質的區域。
（四）下列情況下的排風應經凈化處理：
1、生產特殊性質的藥品或生物制品。
2、生產某些激素類、高活性化學藥品的空氣凈化系統。
生產過程中散發粉塵的醫藥潔凈室（區）應設置除塵設施，除塵器應設置在凈化空氣調節系統的負壓段。采用單機除塵時，除塵器應設置在靠近發塵點的機房內；如機房門向醫藥潔凈室（區）方向開啟，機房內環境要求宜與醫藥潔凈室（區）相同。間歇使用的除塵系統應有防止醫藥潔凈室（區）壓差變化的措施。
發散大量有害氣體或有爆炸氣體的醫藥潔凈室（區）應設置事故排風裝置，事故排風系統應設置自動和手動控制開關，手動控制開關應分別設置在潔凈室（區）內和潔凈室（區）外便于操作的地點。
有爆炸危險的除塵系統應采用有泄漏和防靜電裝置的防爆除塵器。防爆除塵器應設置在排塵系統的負壓段，并應設置在獨立的機房內或室外。
采用熏蒸消毒滅菌的醫藥潔凈室（區）應設置消毒排風設施。
任何室內排風風口均應有過濾器。排風對環境造成有毒有害影響時，排風口的室內側必須安有高效過濾器，必要時還應加裝活性炭過濾器。排出可能含有Ⅲ類生物危險度的生物氣溶膠的管道必須是不銹鋼焊接成型的負壓管道，排風口上的過濾裝置應為B類或更高的高效過濾器。
有腐蝕性氣溶膠的排風管道應采用防腐材料制作。
二、新風設計
新鮮空氣量（新風量）應取下列最大值：
1、補償室內排風量和保持室內正壓所需新鮮空氣量。
2、室內每人每小時新鮮空氣量不低于40m³。系統的新風比不應簡單的按照系統內所需人員的新風量與總風量之比，而應根據醫藥潔凈區內人員密度最大房間所需新風量的新風比確定。
三、回風設計
單向流潔凈室采用水平送風水平回風或垂直送風垂直回風設置；非單向流潔凈室一般采用頂送下側回、側送下側回。散發粉塵或有害物質的醫藥潔凈室（區）不應采用走廊回風，且不宜采用頂部回風。一般不宜采用頂部回風，因為回風流向與塵粒沉降方向相反，可能導致潔凈室下部積聚粒徑較大的塵粒。
潔凈室（區）的空氣如可循環使用，應采取有效措施避免交叉污染和交叉污染，回風口應有過濾器。回風口一般zui低應安裝中效過濾器，宜安裝超低阻高中效過濾器，每次生產結束后可清潔回風口上過濾器，并設定更換周期。采用下側回風時，回風口上邊離地宜不超過500mm，下邊離地宜不小于100mm。為減少塵粒在格柵上積聚，回風口格柵應為豎條。回風管上應按設計要求設防火閥。